İç parazitler (helmintler), dünyanın birçok bölgesinde otlatılan ve serbest dolaşan keçilerde klinik olarak önemli hastalıklara (helmintiyazis) neden olur. Nematodlar, parazitler ve akciğer kurtları keçileri olumsuz etkileyebilir ve yıkıcı üretim kayıplarına neden olabilir. Tenyalar genellikle belirgin hastalıklara neden olmazlar, ancak çıplak gözle görülebildikleri için üreticilerle parazit enfeksiyonlarını tartışmak ve sürü için bir parazit kontrol programı geliştirmek için bir başlangıç ​​noktası olabilirler. Meraya erişim izni verilen hobi sürüleri, büyük üretim sürülerinde olduğu kadar parazitle ilişkili hastalık komplikasyonlarına sahip olabilir. Helmintiyazisin genel klinik belirtileri arasında kilo kaybı, zayıf büyüme, anemi, zayıf tüy örtüsü, submandibular ödem (şişe çenesi) ve ishal bulunur. Bazı parazitler (örneğin akciğer kurtları) öksürük veya bakteriyel zatürre gibi belirli klinik belirtilere neden olabilir.

Çevresel koşullar ve stok yoğunluğu, bir sürüdeki parazitle ilgili sorunların sayısını ve şiddetini etkiler. Sıcak, nemli koşullarda aşırı kalabalık sürüler genellikle şiddetli helmintiyazisle mücadele ederken, kurak veya yarı kurak ortamlarda otlayan sürüler helmintler nedeniyle çok az üretim kaybı yaşayabilir.

Anthelmintik ilaçların aşırı kullanımı parazit direncinin artmasına ve ilaç etkinliğinin azalmasına yol açmıştır. 2008 yılında yapılan bir çalışma, güneydoğu ABD'deki küçük ruminant işletmelerinin %48'inde Haemonchus contortus enfeksiyonlarının piyasada bulunan tüm antelmintik ilaçlara dirençli olduğunu belirlemiştir. 1 Bu ilaçların tedavi için kaybedilmesi ışığında, keçi sürülerinde helmint tedavisi için mevcut paradigma 1) sadece keçiler hastalığın klinik belirtilerini gösterdiğinde tedavi etmek, 2) ilacın etkinliğini belirlemek için dışkı yumurta mahkemeleri kullanmak ve 3) maruz kalma riskini azaltmak için mera ve beslenme yönetimi kullanmaktır. 

Son olarak, parazitlere karşı belirgin bir doğal dirence sahip bireyleri seçici olarak yetiştirmek mümkün olabilir. En fazla dökülen keçilerin belirlenmesi ve uzaklaştırılması da teşvik edilmelidir, çünkü birkaç keçi genellikle parazit yumurtalarının çoğunun dökülmesinden sorumludur. 

FAMACHA sistemi, çoğunlukla H. contortus'un neden olduğu aneminin şiddetini değerlendirmenin düşük maliyetli, doğrulanmış bir yoludur. Bu sistem, ağır parazit yüküne sahip olma olasılığı en yüksek hayvanları belirlemek için konjonktival renk skoru kullanır ve üreticinin buna göre tedavi etmesine veya ayıklamasına olanak tanır.

Bitler ve akarlar keçilerin yaygın dış parazitleridir. Bu organizmalar nadiren ciddi hastalıklara neden olur, ancak aşırı istila anemiye ve kondisyon kaybına neden olabilir. İstilanın klinik belirtileri kaşıntı, alopesi ve organizmaların ciltte ve saçta görünür halde bulunmasıdır.

Caprine arthritis ensefalitis, ovine progressive pneumonia veya maedi-visna ile ilişkili bir lentiviral hastalıktır . Klinik belirtiler arasında 1 yaşından küçük oğlaklarda progressive parezi; yetişkinlerde artrit (özellikle şişmiş karpal eklemler); sert meme ile agalaksi; ve kronik, progressive kilo kaybı bulunur. Keçiler hayatları boyunca enfektedir ve bu hastalığı kolostrum, süt, kan ve mukus salgıları yoluyla hem dikey hem de yatay olarak bulaştırabilirler. Serum testleri, bir sürüde caprine arthritis ensefalitis insidansını belirlemek için kullanılabilir. Pozitif hayvanların itlaf edilmesi önerilir.

Paratuberculosis (Johne hastalığı) , Mycobacterium avium paratuberculosis'e bağlı bağırsak duvarının bakteriyel enfeksiyonudur . Keçiler mikroorganizmanın hem S hem de C suşlarıyla enfekte olabilir.  M avium paratuberculosis dışkıyla atılır ve keçiler genellikle çok küçük yaşta fekal-oral yolla enfekte olurlar. Patojen ayrıca rahim içinde veya kolostrum ve süt yoluyla da bulaşabilir. Kilo kaybı, submandibular ödem ve halsizlik gibi klinik belirtiler, hayvanlar çok daha yaşlı olana kadar ortaya çıkmayabilir. İshal keçilerde sığırlarda olduğu kadar yaygın değildir. Johne hastalığı tedavi edilemez ve bakteri toprakta yıllarca yaşayabildiğinden çevrenin dekontaminasyonu zordur. Enfekte hayvanları belirlemek ve uzaklaştırmak için fekal PCR testi önerilir. Kronik kilo kaybı gösteren hayvanlarda nekropsi yapılması da önerilir, bu hastalığın iç klinik belirtilerini aramak için, örneğin genişlemiş mezenterik lenf düğümleri ve belirgin lenf damarları olan kalınlaşmış bağırsak. Mikroskobik incelemede, enfekte dokuda asit-hızlı boyanan bakteriler görülür.

Kazeöz lenfadenit (peynir bezi), Corynebacterium pseudotuberculosis'e bağlı lenf düğümlerinin enfeksiyonudur . Enfeksiyon genellikle irinle doğrudan temas eden ciltteki çatlaklar veya irinle kontamine olmuş fomitler (makaslar ve yemlikler gibi) yoluyla bulaşır ve her yaşta ortaya çıkabilir. Hastalığın iki formu vardır: iç form ve dış form. İç apselerin ölümden önce tanımlanması zordur; ancak kronik kilo kaybına ve düşük üretime yol açabilirler. Dış apseler yüzeysel lenf düğümlerinde oluşur ve patladıklarında çevreyi büyük miktarda enfeksiyöz irinle kirletir. Tedavi etkili kabul edilmez ve organizmalar toprakta aylarca canlı kalabilir. Dış apseler hastalığı doğrulamak için kültürlenmeli ve belirgin şişmiş lenf düğümleri veya apseleri olan hayvanlar sürüye dahil edilmemelidir.

Clostridium tetani enfeksiyonu (tetanos) büyük olasılıkla hadım etme ve boynuz alma gibi işlemlerden sonra veya yaraların kontaminasyonu yoluyla ortaya çıkar. Çocuklara bu işlemlerden önce veya hemen sonra tetanos aşısı yapılmalıdır.